El Consejo Administrativo del Tribunal es el órgano encargado de la vigilancia, disciplina y administración de los recursos humanos y materiales del Tribunal de Justicia Administrativa.

Se integra por los Magistrados en funciones a quienes se les denomina para esta función Consejeros, cuenta con un Presidente, cada uno de los Consejeros tienen derecho a voz y voto, las decisiones se toman por mayoría de votos; en caso de empate el Presidente tiene voto de calidad, además, se auxilia del Director Administrativo quien funge como Secretario del Consejo, quien tiene derecho a voz pero no a voto y da fe de lo ahí actuado; para que celebre sus sesiones, es necesaria la presencia de la mayoría de los Consejeros.